La Maestría en Tecnología e Higiene de los Alimentos (Categorizada A por la Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria), se realiza en conjunto con las Facultades de Ciencias Agrarias y Forestales, Ciencias Exactas e Ingeniería. La carrera, de modalidad estructurada, está dirigida a profesionales de distintas disciplinas y tiene como objetivo proporcionar una formación superior para para la investigación, el estudio, el adiestramiento específico y la resolución de problemas en las áreas de sanidad, higiene, tecnología e ingeniería de los alimentos. La formación debe completarse con la presentación individual de un trabajo final, proyecto, obra o tesis que demuestre la destreza en el manejo conceptual y metodológico correspondiente al estado actual del conocimiento en el área disciplinar mencionada. La Facultad otorga becas a sus docentes para la realización de la Maestría.